Dari pernikahannya dengan GKR Pakubuwono, PB XIII dikaruniai seorang putra bernama KGPH Purbaya. Dalam keseharian, beliau dikenal rendah hati, religius, dan konsisten menempatkan nilai-nilai spiritual dalam setiap langkah kepemimpinannya.
Rencana Pemakaman
Sesuai adat, jenazah PB XIII akan dimakamkan di Kompleks Makam Raja-raja Imogiri, Bantul, Yogyakarta. Namun karena makam khusus yang disiapkan belum selesai dibangun, pemakaman sementara akan dilakukan di atas makam ayahandanya, Paku Buwono XII. Setelah pembangunan selesai, jenazah PB XIII akan dipindahkan ke makam tetapnya di Imogiri.
