Menyadari kekuatan pasukan Mataram yang kecil, Juru Martani mendapat wisik agar menabuh bende Ki Bicak. Bende ini peninggalan Ki Ageng Sela. (Bende ini pun ada sejarahnya. Konon sewaktu menanggap wayang dengan dalang Ki Bicak, Ki Ageng Sela jatuh hati pada isteri sang dalang. Ki Ageng kemudian membunuh Ki Bicak dan mengambil isteri serta gamelan termasuk bende. Menurut Sunan Kalijaga, bende itu nanti akan menjadi pusaka Keraton Mataram dan bila bende itu dibunyikan maka bunyinya menggelegar memenuhi angkasa dan penabuh akan menang perang.)
Suara Bende yang ditabuh menggelegar ini pula yang kemudian terdengar oleh Kanjeng Ratu Kidul. Itu tanda bahwa Mataram butuh bantuan sehingga Kanjeng Ratu beserta puluhan ribu bala bantuannya datang menyerang pasukan Pajang. Sementara penguasa gunung Merapi yaitu Kyai Sapu Jagad membuka kunci kawah gunung tersebut. Gunung Merapi meletus di tengah kegelapan, hujan lebat, banjir dan gempa bumi. Bala bantuan gaib yang berpadu dengan kekuatan alam yang hebat itulah yang membuat pasukan pajang berkekuatan lebih besar itu morat marit. Sultan Hadiwijaya sosok yang sakti mandraguna yang mudanya disebut Jaka Tingkir dan punya guru sakti yaitu Ki Ageng Sela ini pun harus terjatuh dari gajah tunggangannya dan harus melarikan diri dalam keadaan terluka yang parah.
Panembahan Senopati terus mengejar dengan 40 orang pasukan khususnya hingga masuk ke wilayah Pajang. Tahu kekuatan Panembahan yang tidak seberapa itu, pasukan Pajang yang dipimpin Benawa, anak Sultan Hadiwijaya segera siap melakukan penghadangan dan penumpasan. Namun Benawa diwejang sang ayah agar tidak membunuh Panembahan Senopati
“Jangan berani terhadap kakangmu (panembahan senopati), karena kalau aku sudah wafat maka kakangmu itu yang menjadi penggantiku. Rukun dan berbaktilah padanya, “ ujar Sultan Hadiwijaya yang kemudian menghembuskan nafas terakhirnya.
Peristiwa itu terjadi pada tahun 1587 atau tiga tahun setelah ayah Panembahan Senopati, Ki Ageng Pemanahan wafat.Memang sudah menjadi takdir bahwa Sultan Hadiwijaya wafat pada tahun itu. Namun konon salah satu lantaran sebabnya adalah berikut ini. Ki Juru Taman, seorang raja Jin abdi Panembahan Senopati menawarkan jasa untuk membunuh Sultan Hadiwijaya. Mendengar tawaran itu, Panembahan Senopati berkata “Saya tidak punya niat seperti itu, tapi jika engkau ingin membunuhnya maka terserah dan saya tidak memberi perintah padamu tapi juga tidak melarangmu, “jawabnya.
Tahu dan tanggap sasmita narendra apa yang diinginkan sang Panembahan, Raja Jin Ki Juru Taman segera melakukan aksi membunuh Sultan Hadiwijaya dengan kesaktiannya. Jenazahnya dimakamkan oleh masyarakat di Makam Kota Gede, yang berjajar dengan Makam Nyai Ageng Enis, ibu Ki Ageng Pemanahan dan Pangeran Jayaprana leluhur Raja-Raja Surakarta dan Yogyakarta.