Mereka disebut NII Teritori karena kelompok ini memiliki teritori yang jelas. seperti Pesantren al-Zaytun di Indramayu.
Kelompok ini juga dikenal sebagai NII KW9 yang telah mengalami beberapa evolusi gerakannya.
Sementara itu, NII non-Teritori adalah faksi NII yang tidak memiliki teritori yangjelas. Kelompok ini kemudian dipercaya memiliki banyak aktivis yang bermigrasi ke kelompok Islam pro kekerasan (teroris).
Kelompok pro kekerasan yang dipimpin Abu Umar, kelompok bom buku Pepi Fernando, kelompok Santoso Daeng Koro, dan pelaku Bom Kuningan Heri Gulun merupakan contoh dari kelompok ini. Selain itu, kelompok ini juga telah melakukan percampuran dengan ideologi yang lain seperti Salafi. Ikhwanul Muslimin, dan Syi’ah.
