Menurut Humas Kereta Commuter Indonesia (KCI), Anne Purba, selama masa perbaikan, PT KCI dan PT KAI Daop 1 melakukan rekayasa pola operasi untuk KRL tujuan Stasiun Jakarta Kota, sehingga sebagian besar KRL dari arah Bogor/Depok maupun Cikarang/Bekasi perjalanannya hanya sampai Stasiun Manggarai.
Dengan rekayasa pola operasi ini, sebagian besar KRL tujuan Bogor/Depok maupun Cikarang/Bekasi akan berangkat dari Stasiun Manggarai.
