Selama melaksanakan operasi, Satgas Trisila-25 dalam pelayarannya akan menegakkan hukum terhadap para pelanggar di laut dan melaksanakan latihan-latihan untuk mengasah kemampuan bertempur, seperti kemampuan prajurit peperangan laut dan pendaratan khusus oleh prajurit Marinir TNI AL. Rute operasi pelayaran sesuai dengan perencanaan dan akan disesuaikan dengan kondisi cuaca dan medan.
Satgas Operasi Trisila-25, ketika singgah atau sandar di pelabuhan-pelabuhan, bekerja sama dengan Lantamal dan Lanal yang disinggahi akan melaksanakan kegiatan bakti sosial dan openship bagi masyarakat dan pelajar serta melaksanakan kunjungan silaturahmi ke Forkompinda setempat.
