Menurut Habib Syakur, selama ini masyarakat terkesan melupakan fungsi dan peran besar dari pesantren. Sejak zaman sebelum dan sesudah kemerdekaan, hingga saat ini, fungsi dan peran pesantren sangat besar dalam menjaga keutuhan anak bangsa.
Namu, Ia mengakui, propaganda kelompok pemuja khilafah dan wahabi cukup masif. Terlebih mereka, diduga banyak mendirikan pendidikan berbasis islam. Seharusnya, kurikukulum mereka ini yang perlu diawasi secara ketat.
Sebab, dari segelintir pesantren yang mereka dirikan itu, patut diduga merusak nama pesantren secara umum yang selama ini kontribusinya pada bangsa dan negara tidak perlu diragukan lagi. Karena, kurikulumnya mungkin sangat berbeda dari kurikulum pesantren-pesantren di Indonesia, umumnya.
