Margono sebagai pejabat yang mengurusi masalah persedian pangan bagi rakyat Indonesia terlibat dalam upaya diplomas yang dilakukan Perdana Menteri Sjahrir melalui pengiriman beras ke India. Kemudian, Margono terlibat dalam mempertahankan kemerdekaan Indonesia dengan menyelamatkan aset BNI berupa emas seberat tujuh ton saat Belanda melancarkan Agresi Militer II pada tahun 1948. Margono berhasil menjual emas ke Macau dan hasil penjualan diperuntukan bagi perjuangan Indonesia, yakni masalah penyediaan bahan pangan, biaya diplomasi, serta persediaan perang melawan Belanda.
Margono juga ayah dari dua pemuda yang gugur dalam peristiwa Pertempuran Lengkong, yakni Kapten Anumerta Soebianto Djojohadikoesoemo dan Taruna Soejono Djojohadikoesoemo.
