Dengan menjadi raja Mataram Islam, Senapati menentukan pusat kota dan istana pemerintahannya di Kotagede. Panembahan Senapati akhirnya wafat pada tahun 1601 dan dimakamkan di Kotagede berdekatan dengan makam ayahnya. Kerajaan Mataram Islam kemudian berhasil menguasai hampir seluruh Pulau Jawa (kecuali Banten dan Batavia) dan mencapai puncak kejayaannya di bawah pimpinan raja ke-3, yaitu Sultan Agung (cucu Panembahan Senapati).
Pada tahun 1613, Sultan Agung memindahkan pusat kerajaan ke Karta (dekat Plered) dan akhirnya berakhirlah masa Kotagede sebagai pusat kerajaan Mataram Islam.
Ada sejumlah peninggalan Kotagede yang sangat menarik, sebagai peninggalan kerajaan Mataram Islam, seperti makam para pendiri kerajaan, Mesjid Kotagede, rumah tradisional berarsitektur Jawa Mataram, hingga sisa reruntuhan benteng. Kompleks makam pendiri kerjaan Mataram berada sekitar 100 meter dari pasar Kotagede, dikelilingi tembok besar dan kokoh.
Pintu Gapura memasuki kompleks makam ini masih memiliki ciri arsitektur budaya Hindu. Setiap gapura memiliki pintu kayu yang tebal dengan ukiran yang indah dan dijaga oleh sejumlah abdi dalem berbusana adat Jawa. Ada 3 gapura yang harus dilewati sebelum masuk ke bangunan makam.
Uniknya, kita diharapkan untuk menggunakan busana adat jawa untuk memasuki area makam. Pengalaman menarik menggunakan busana layaknya abdi dalem kerajaan Jawa kuno. Kita akan melewati 3 gapura sebelum sampai ke gapura terakhir yang menuju bangunan makam.
Untuk masuk ke dalam makam, kita harus mengenakan busana adat Jawa (bisa disewa di sana). Pengunjung diperbolehkan untuk masuk ke dalam makam pada Hari Minggu, Senin, Kamis, dan Jumat, dengan periode waktu pada pk 08.00 – 16.00. Pengunjung tidak diperbolehkan untuk memotret dan mengenakan perhiasan emas di dalam bangunan makam. Sejumlah tokoh penting yang dimakamkan di sini adalah Sultan Hadiwiijaya, Ki Gede Pemanahan, Panembahan Senopati, dan anggota keluarganya.
