Tepat di momen Milad HMI ke 76, Mahfud Khanafi terpilih menjadi Ketua Umum Pengurus Besar Himpunan Mahasiswa Islam (PB HMI) periode 2023-2025 M pada Selasa, 7 Februari 2023.
Mahfud Khanafi terpilih pada Kongres HMI ke XXXIII yang diselenggarakan di Islamic Center dan Asrama Haji Bekasi, Jawa Barat pada 31 hingga 7 Februari 2023. Terpilihnya Mahfud Khanafi masih dalam momen Milad HMI ke-76.
Mahfud Khanafi dipastikan menjadi Ketua Umum PB HMI (MPO) setelah mengantongi suara terbanyak dari 3 calon lainnya, yakni Zunnur Roin, Ziad Abdul Malik, M. Zukiul Fikri.
Mahfud Khanafi memperoleh suara sebanyak 72 suara, Zunnur Roim memperoleh suara sebanyak 51 suara, Ziad Abdul Malik memperoleh suara sebanyak 36.
