Dalam program pengembangan konektivitas seperti tol laut dan jembatan udara dilakukan dengan suatu rencana pengembangan transportasi multimoda secara terintegrasi. Program pemerintah dengan menyediakan moda transportasi alternatif seperti Tol Laut dan Jembatan Udara diharapkan dapat menyeimbangkan penyebaran pembangunan dan distribusi hingga ke daerah tertinggal, terpencil, terluar dan perbatasan di Indonesia. Hal ini untuk mewujudkan kesejahteraan secara merata bagi masyarakat Indonesia.
“Bisa dibayangkan daya beli masyarakat Indonesia bagian timur masih terbatas sekali, sehingga pemerintah menyediakan kurang lebih 13 trayek tol laut ke Indonesia bagian timur. Jadi, ketergantungan masyarakat terhadap fasilitas dari pemerintah itu tinggi sekali,” papar Menhub Budi.
Lebih lanjut Menhub menegaskan apa yang dilakukan Kementerian Perhubungan ini semata mata agar Indonesia bukan hanya terpusat di pulau Jawa saja tapi Indonesia bagian timur. Karena Papua, Maluku dan sebagainya adalah bagian dari negara kesatuan Republik Indonesia yang harus mendapat perhatian dan harus tumbuh menjadi suatu daerah yang sama makmurnya dengan daerah di Pulau Jawa.
Di samping program konektivitas, Kementerian Perhubungan juga memiliki program pembangunan untuk mendukung10 Kawasan Strategis Pariwisata Nasional untuk mewujudkan 10 Bali baru.
