Setelah urusan di rumah sakit selesai, Serka Seger kembali ke markas seorang diri untuk mengantarkan obat-obatan tersebut. Namun nahas, dalam perjalanan pulang sekitar pukul 10.45 WIT, ia disergap dan ditembak mendadak oleh kelompok separatis bersenjata di kawasan Jembatan Kali Biru.
Tembakan tersebut sontak menggegerkan warga sekitar dan memicu respons cepat dari personel Kodim 1715/Yahukimo. Setelah dilakukan penyisiran, jenazah Serka Seger ditemukan di tepi jalan bersama sepeda motornya. Ia sempat dilarikan ke RSUD Dekai dan dinyatakan gugur pada pukul 11.10 WIT.
