Dalam kehidupan keluarga, Johnny adalah ayah dari tiga anak berprestasi. Putrinya, Diah Ayu, merupakan alumni LSPR dan istri Kapolresta Balikpapan Kombes. Pol. Anton Firmanto.
Putranya, Mayor Dwi Harmanto, Abituren Akmil, 2011, adalah perwira aktif di Bekangdam Jaya. Anak bungsunya, dr. Milka Anisya, dokter lulusan Universitas YARSI dan Magister ARS UPH, merupakan isteri dari Ray Zulham, Ketua Umum Perbati.
“Anak-anak kan sudah selesai semua, sekarang saya memiliki banyak waktu, sehingga bisa lebih fokus mengabdi pada organisasi,” kata pria yang hobi menyanyi dan penyuka musik ini.
Dengan rekam jejak lebih dari 40 tahun di dunia pers, organisasi, dan kemasyarakatan, Johnny Hardjojo adalah potret wartawan pejuang, teguh dalam prinsip, rendah hati dalam laku, dan tak pernah lelah mengabdi untuk negeri.
